小新刚准备出发，遇到了阿松，阿松告诉小新几人玲玲塔留下的透明铃铛被人偷走了。阿松邀请小新几人来到了自己的家里，在家里遇到了米那君，阿松再次讲述了凤王的故事，告诉有3只传送精灵替凤王监视着人类。是凤王和人类的联络者。
阿松说出小新几人见过凤王，小智再次说到自己见过了水君。米那君不相信小新几人见过凤王和水君。
米那君不相信小新几人，朝着小智发出来对战，这个时候玲玲塔旁边的虫系精灵开始暴乱了，小新几人感到时候，看到了被吐丝网起来的火箭队三人组，还有被偷了的透明铃铛。虫系精灵因为透明铃铛被人类偷走了，开始朝着小新几人发出了攻击，米那君派出了胡地保护了小新一行人。小新看不下去，派出了自己的水君。
米那君和阿松看着水君说到。
“那不是水君吗？小新你收服了水君。”阿松说到。
“你怎么会有水君啊，原来你们见过凤王和水君是真的。”米那君说到。
小新用水君平息了虫系精灵的暴乱，阿松和米那君一脸羡慕的看着小新，随后小新一行人把偷走的透明铃铛带回了玲玲塔。米那君想要和小新对战，小新介绍，放出了水君和米那君展开了对战，水君一招秒杀了胡地。米那君也看出了自己和小新实力之间的差距。
阿松在家里好好招待了一番小新几人，小新几人在阿松家休息了一天。
第二天小新几人朝着卡吉道馆出发了，小新一行人来到了迅雷镇，遇到了小茂，小智想要喝小茂对战，小茂准备参加什么比赛拒绝了小智。
小新几人遇到了培育家达造先生，在一番交流后，知道这个镇子正在举办精灵竞赛赛，小智自告奋勇的准备参加。达造先生带着小新一行人来到自己的家里，把装备借给了小智，小智非常努力的练习。
第二要比赛开始了，小智和小茂在竞速赛里面遥遥领先，在一段时间后，小智和小茂开始了拉锯战，在最后的终点小智用微差的距离取得了竞速赛的冠军。小新几人和小茂恭喜了小智。
小新几人还回了达造先生的装备，顺便送给了小智一个精灵蛋。小新几人感谢了达造先生，继续出发旅行了。精灵蛋由小刚照顾。
小新几人在路上遇到了下雨，小新几人快速来到了精灵医院，小新几人准备在精灵医院休息，刚睡着没多久，火箭队三人组来跑到了精灵医院准备偷取精灵蛋，小霞的波可比发出来挥指功，精灵蛋被瞬间移动到了森林里面，袋龙带着袋龙宝宝把精灵蛋带走了，小智做着噩梦，梦里面精灵蛋破碎消失了，小智惊醒了。
小智起来后发现了精灵蛋消失了，小智吵醒了小新几人，乔伊小姐听到了声音，来到了小新几人的屋子，知道了精灵蛋消失了，随后报警求助了。一段时间后，君沙小姐来到了精灵医院。
随后君沙小姐发现了脚印的线索，小新几人顺着脚印来到了森林，小新几人遇到了袋龙，看见袋龙袋子里的自己的精灵蛋，小智开始和袋龙展开了沟通，袋龙闻了闻精灵蛋的味道，又闻了小智的味道。随后袋龙把精灵蛋还给了小智。
火箭队三人组跳了出来准备抢夺精灵蛋，小新放出了精灵把火箭队三人组击飞了。小新几人感谢了乔伊小姐和君沙小姐，随后出发旅行了。
小新几人在森林走了几天，准备好好休息吃晚饭的时候，精灵蛋发出来光芒，随后精灵的孵化出来了，原来是一只小小象。
随后小新几人陪伴的小小象玩耍了一番，小智拿出了精灵球把小小象收进了精灵球，小智把妙蛙种子传送到大木博士的研究所。
小新几人来到了斯里巴吉山，山上浓雾笼罩，小新几人在山里面遇到了洛柯小姐和一只九尾，小新几人来到了洛柯小姐的家里，在山上的一座大别墅，小新几人在洛柯家里吃了饭，小霞发现镜子里只有九尾，没有洛柯小姐。
随后小新几人发现了这个屋子主人的日记，原来这个九尾活了200多年了。小新决定收服这只九尾，根这个九尾交流了一番自己的情况，九尾欣然同意了，随后小新派出了喷火龙击败了九尾。小新就这样收服了九尾。
小新几人走过了斯里巴吉山，来到了一个洞窟，小新几人在洞窟里面遇到很多的岩石系精灵，小新几人也不想去收服精灵，然后越过了洞窟，遇到了一只巴尔郎，小新几人想给它精灵食物，但是巴尔郎喜欢恶作剧。随后山里修行者信彦走了赶了出来，然后和小新几人做了介绍，信彦是阿四馆主的大弟子，在这里做修正。
信彦请小新一行人来到修行的地方出来饭，这个时候来了一个村民，告诉信彦先生巴尔郎出来捣乱了，小新几人赶来了捣乱的地方。
火箭队三人组袭击了巴尔郎和火爆猴，猴怪，信彦先生凭借自己的力量拯救了巴尔郎和火爆猴，猴怪，信彦先生用人类之躯和巴尔郎比试了一番，最后信彦先生打败了巴尔郎，随后收服了巴尔郎和火爆猴，猴怪。
小新几人告别了巴彦先生，继续开始了旅行。
小新几人来到了一个天然鸟的占卜的气象台，天然鸟预测到了这里有一场大洪水，随后天然鸟的预测非常准确。随后大洪水出现了，小新几人被天然鸟的瞬间移动带到了山上，洪水过后，天气恢复了晴朗。小新几人感谢了天然鸟，开始继续旅行了。
小新几人来到了一座森林里面，小智的皮卡丘和小霞的波克比出现了难受的表情，森林里面的精灵也出现了难受的表情。
森林传来了一声尖叫，小新几人不知道是什么原因，小新几人朝着森林深处前进。来到一片湖泊，小新几人遇到了一只红色的暴鲤龙，看到红色暴鲤龙也非常难受。一群火箭队突然出现了，对着小新几人展开了攻击，然后一个骑着快龙的训练家出来帮助小新几人解决了火箭队。
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