几日后，岛津忠直率领五万大军进入摄津开始收复失地，留守的三好义继率领三好家一万余人固守等待毛利家的动静。
毛利元就得知消息后，也知道三好家的安危关系到毛利家自身的利益，毕竟唇亡齿寒，他不能坐视三好灭亡。
岛津忠直围攻摄津之时，当即让本多正信带领一万五千人与新田义信汇合，扫荡播磨国内的反岛津势力。
赤松政秀两次输给黑田官兵卫，等新田义信率领赤松义佑，小寺政职等人兵马出动，赤松政秀连忙出逃，投靠别所安治。
别所安治立刻飞檄秘密联络东播磨的诸城，将三木城的防区大大地扩展，严密防守进行笼城战。
东播磨的各小城的小豪族均带领一族集合于三木城，总兵力达到七千五百骑。
他下令在三木城的城东堆起了一个大土堆，西面用高木筑墙，利用绵延四千米的三岳、山谷和小川，构成了一个极大的城郭。
同时，作为支援的各支城的神吉城、志方城、高砂城、野口城、端谷城、衣笠城、渡濑城、澹河城等，严密加强防备，并随时与三木城本城联络，使东播磨地区的防卫相当地严密。
新田义信当即率领大军进攻别所安治，别所安治连忙进入坚城三木城笼城，在三木家的帮助下，大量的兵粮通过毛利家水军运入城内。
新田义信期待趁着赤松政秀快速溃败的大胜，直接将东播磨的诸势力一举消灭，并利用山路向三木城内进行侦察，将本阵安置在一个叫大村的地方休息。很快就被别所方很快察觉后，别所方联络各支城，发动夜袭。
在日没之后，别所方向在大村坂屯驻的秀吉军的本阵发动夜袭。援军的第一阵是志方城主栉桥尹则，在寂静的黑夜里向敌阵的所在地大村坂进发。第二阵是野口城主长井四郎左卫门，第三阵是神吉城主神吉赖定。合战由高砂城主梶原景行担任军奉行，负责进退军令的下达。其他的城主在各处集结，手持未点燃的松明，在暗黑的夜中等待向敌阵进军的命令。
好在新田义信也是一个有才能的人，同时还有本多正信，黑田官兵卫辅左，因此，别所安治的夜袭功亏一篑。但是这给岛津军造成了一定的麻烦。
因为夜袭大有收获，三木城内，守兵上下一心，士气正盛。
新田义信对东播磨城兵意外的强硬态度感到惊慌，于是详细探察了播磨的地形，最后在认为安全的平井山构筑了本阵。随后发动强攻，但是在进攻一天之后，三木城依然在别所家手中。
随后新田义信了解到地利及各支城的配置之后，发现想简单地攻陷三木城是不可能的事情，三木城意外地强大，并拥有许多支城的支持。
他对着众人，苦恼道：“三木城周边的支城对我们攻略三木城造成了很大的麻烦啊。”
本多正信提出建议，说道：“新田大人，在下以为，既然在攻打三木城之前，这些支城会影响我军，那就不如先把三木城周围的别所家臣子城砦攻下，以免他们之后再相互呼应。”
新田义信接受了这个建议，他便分兵攻打周边的城砦。经过定了攻击三木城各支城的顺序，先攻下了野口城，接着神吉城和志方城先后落城，终于对三木城完成了基本的包围阵势。
探知三木城兵粮丰富的新田义信，派出斥候前往调查，并很快地发现了毛利的援军从鱼住之浜和高砂城向三木城不断地输送物资。
他立刻率军向高砂城进军，但是黑田官兵卫担心城内兵马会和毛利军联手，有战败的危险，新田义信仔细思考后，认可了这个建议，于是布置了一支兵马防备。
果不其然，在岛津军进攻高砂城的时候，毛利军突然登陆，朝岛津军发起攻击，本多正信连忙领兵杀出，与新田义信夹击毛利军，毛利军立刻撤退。
最后新田义信立刻编组大军发动第二次的攻击，高砂城主梶原景行在城破损没有胜算的情况下，将城兵送入三木城，自己出家改法名为龙庵到刀田山鹤林寺的林中蛰居，放弃了城池。
成功地切断三木城粮道的新田义信，很快又发现毛利的援军从兵库港将粮食运入花隈城，通过丹生山，从澹河城山中的通道将武器和军粮送入三木城的途径。
新田义信立刻发动攻势，将丹生山上的砦烧毁，并将佛教传来的圣地明要寺也一同烧毁。
之后岛津军向澹河城发动攻击，被城主澹河弹正定范用计略大败。澹河弹正定范在作战获胜之后，立刻与一族郎党一起进入三木城笼城，使岛津军上演了一出大兵进攻空城的大失态的表演。
就这样，新田义信将三木城的粮食通道一个一个切断，将三木城的包围圈逐渐缩小。
这时，新田义信发现川中出现许多竹筒。感到不可思议的他命令人调查，发现这些经过三木川流入三木城的竹筒中都装满了米，是胁川的教海寺门信徒将粮食暗中送入三木城中的。
因为岛津军佛门圣地的缘故，他们才会支援别所安治，新田义信因为岛津忠直，也对佛门没有好感，因此立刻派兵将教海寺焚烧，并将僧侣和信徒都抓起来全部杀害，同时将三木城周边的寺院和神社全部都烧毁了。
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